Geschichte:

• Die Kirche stand wohl anstelle einer heidnischen Kultstätte zunächst im Zuge der Christianisierung als eine Michaelskapelle.
• Im 11. Jh./ nach 1081 misslang der Plan Bischof Benno II., ein Benediktinerinnenkloster. Dadurch kam es zur erneuten Gründung eines Klosters durch Bischof Udo von Steinfurt (1137-41). Dabei Übernahme der bereits bestehenden Kirche Bennos.
• Im Spätmittelalter kaum es zum häufigen Streit mit den Osnabrücker Bürgern aufgrund gewerblicher Tätigkeit des Klosters mit folgenden Verwüstungen. Auch wegen strategisch günstiger Lage oberhalb der Stadt mit verschiedenen Belagerungen, Plünderungen und Brände, u.a. während des 30er Krieges.
• Dann kam es zur Auflösung des Klosters während der Säkularisation 1803. Danach wurde die Anlage als Zeughaus und Militärlazarett genutzt.
• In dem 1860er Jahren wurde auf dem ehem. Klostergelände eine Heil- und Pflegeanstalt gebaut. 1954 entstand das Landeskrankenhaus, seit ... AMEOS-Klinikum. Die Klosterkirche dient seitdem als Simultankirche.

Geschichten / Legenden:

• Figur der hl. Gertrud:
• Gewährt eigentlich Schutz vor Ratten und Mäusen. Aufgrund der  Handhaltung hier eher Beschützerin der Mäuse (Pastor Heyl).
• „Gertrudenberger Loch“:
• Ein Wünschelrutengänger (wann?) behauptete, unter der Stadt seien unterirdische Gänge, die auch zum Dom bzw. zum Bischof führen würden. In Osnabrück hält sich das Gerücht, dass die Gertrudenberger Nonnen dadurch direkt zum Bischof gelangt wären.
• Tatsache: Früher sind wohl plötzlich Nonnen in der Stadt aufgetaucht, die man aber nicht hat kommen sehen. Vom erhaltenen Klosterkeller aus existiert ein ehem. Zugang zum Höhlensystem im Gertrudenberg. Die Nonnen hatten bei Belagerung oder Gefahr (der Hasetor-Bahnhof war noch nicht vorhanden) die Möglichkeit, auf diesem Wege ungesehen zum Herrenteichswall zu gelangen, dann durch diesen und den Gang in der Hohen Brücke hindurch in die Stadt hineinzukommen und tauchten dort anscheinend „plötzlich“ auf.
• Klosterbrauerei (anstelle des Äbtissinnenhauses) / Gertrudenminne:
• Die Nonnen haben das selbstgebraute Gertrudenbier an Reisende ausgegeben. Frauen, die auf dem Rückweg einer Wallfahrt nach St. Annen (Schiplage) im Gertrudenkloster einkehrten, bekamen dort „beergeid“ oder „to verdrinken“ (in: Führer St. Anna Schiplage)
• „Die heilige Feme“: M. Rickling, Kirche – Kriege – Goldene Schätz, …, S. 118
• Der berühmte Schriftsteller und gebürtige Osnabrücker Erich Maria Remarque war 1921/22 als Organist in der Krankenhauskirche tätig („Der schwarze Obelisk“, 1956).